Конвертировать файловую систему из FAT в NTFS можно с помощью штатной программы windows - convert.exe. Вот что пишет справка это команды:
Преобразование файловой системы тома FAT в NTFS.
CONVERT том: /FS:NTFS [/V] [/CvtArea:имя_файла] [/NoSecurity] [/X]
том Определяет букву диска (с последующим двоеточием),
точку подключения или имя тома.
/FS:NTFS Конечная файловая система: NTFS.
/V Включение режима вывода сообщений.
/CVTAREA:имя_файла
Указывает непрерывный файл в корневой папке для резервирования
места для системных файлов NTFS.
/NoSecurity Параметры безопасности для преобразуемых файлов и папок
будут доступны для изменения всем.
/X Принудительное снятие этого тома (если он был подключен).
Все открытые дескрипторы этого тома станут недопустимыми.
Пример использования:
convert c: /fs:ntfs
Где c: - буква диска который необходимо конвертировать.
